В мире, где у каждого есть те или иные своего рода эсперские способности, главный герой был лишен их с рождения. В результате чего считался изгоем в обществе и, мягко говоря, не пользовался популярностью среди своих сверстников. По жизни старался себя особенно не проявлять, чтобы не привлечь к себе лишнее внимание, но однажды в школе на перемене к нему обращается самая популярная в школе девушка с просьбой помочь ей найти кандидата в президенты школьного совета, объясняя это тем, что он был единственным во всей школе, подходящим на эту роль.

Весной 16-летняя Такэмия Нахо получает странное, но подробное письмо от взрослой себя из 10-летнего будущего. Сначала она подумала, что это чья-то шутка, но потом события, о которых говорится в письме, как, например, появление новичка в классе, действительно имеют место быть. Спустя почти две недели по возвращении Какэру в школу, Нахо заканчивает письмо. В письме 26-летняя Нахо сообщает 16-летней, что она больше всего на свете жалеет о том, что Какэру больше нет с ними в будущем, и просит ее, чтобы она позаботилась о нем.

История Fate/hollow ataraxia происходит через шесть месяцев после событий Fate/stay night, все еще в городе Фуюки. Базетт Фрага МакРемитц, член Ассоциации Магов и Мастер Пятой Войны Святого Грааля, просыпается на четвертый день войны с новым Слугой, Мстителем, и не помнит, что с ним случилось раньше. Она и Эвенджер решили сражаться и выиграть Войну за Святой Грааль. Между тем, Широ Эмия живет мирной жизнью со всеми своими друзьями из Пятой Войны Святого Грааля. После того, как один из его опытов изменил ход времени и пространства, Рин Тосака уезжает в Ассоциацию волхвов в Англии, чтобы разобраться с проблемами. Слуги чувствуют новую опасность, поскольку вскоре после этого появляются темные существа.…