В недалеком 2029 году сети и компьютеры развились до того, что появилась возможность создавать высокотехнологичных киборгов с полной интеграцией в Сеть. Главная героиня Кусанаги Мотоко - киборг, с человеческим разумом внутри кибернетического тела, майор Девятого отдела, созданного для спецопераций правительства. В Сети объявляется некий Кукловод, манипулирующий людьми через ту же Сеть, заставляя их действовать в его интересах. Его поимкой и занимается Девятый отдел.

Приквел "Призрака в доспехах", в котором рассказывается о встрече всем полюбившихся героев. Действие разворачивается в 2027 году. Мотоко Кусанаги и Тогуса еще не состоят в Отделе общественной безопасности (Мотоко приписана к военному 501-му секретному подразделению, а Тогуса - рядовой детектив в префектуре Ниихама), более того, Дайсукэ Арамаки и Бато подозревают Мотоко в причастности к террактам.

Human Error Processor рассказывает четыре новые истории из практики Девятого отдела. Повествование начинается спустя некоторое время после событий первой части манги и знакомит читателя с любопытными деталями сеттинга.