Шиничи Кудо - ученик старшей школы, который, используя наблюдения и дедукцию, очень хорошо разгадывает различные загадки. В ходе одного из расследований, его схватила мафия и заставили его принять новый экспериментальное лекарство. Оставив его умирать, мафиози испарились. Однако, вместо того, чтобы убить его, лекарство превратило Шиничи в маленького ребенка. Чтобы создать иллюзию его исчезновения, Шиничи берет себе новое имя, основанное на имени его любимого писателя (Артура Конан Дойля) и становится Конаном Эдогавой. Ран, его (ну, Шиничи) подруга детства берет этого маленького ребенка под свое крылышко и приводит Конана к себе домой. Сейчас Конан живет в детективном агенстве, принадлежащем отцу…

Возвращается наш протагонист, Ариюки, домой... А дома то нет. Лишь развалины, да кратер посередине. Кого или что винить в произошедшем? Правильно, метеорит! Только вот метеорит оказался вовсе не метеоритом, а кавайной босоногой девушкой, представившейся Богом...