26 лет назад в третьем классе средней школы училась студентка по имени Мисаки. Успешная в учёбе и спорте, она была популярна среди одноклассников. Когда Мисаки внезапно умерла, её одноклассники решили вести себя так, как если бы она была еще жива, до самого окончания школы. Весной 1998 года в класс, находящийся в том самом кабинете, переводится парень по имени Коичи Сакакибара. Со временем он начинает чувствовать странную атмосферу, царящую в этом классе. И наибольший интерес у него вызывает красивая девушка, что держится в стороне ото всех и постоянно рисует что-то в одиночестве...

История Fate/hollow ataraxia происходит через шесть месяцев после событий Fate/stay night, все еще в городе Фуюки. Базетт Фрага МакРемитц, член Ассоциации Магов и Мастер Пятой Войны Святого Грааля, просыпается на четвертый день войны с новым Слугой, Мстителем, и не помнит, что с ним случилось раньше. Она и Эвенджер решили сражаться и выиграть Войну за Святой Грааль. Между тем, Широ Эмия живет мирной жизнью со всеми своими друзьями из Пятой Войны Святого Грааля. После того, как один из его опытов изменил ход времени и пространства, Рин Тосака уезжает в Ассоциацию волхвов в Англии, чтобы разобраться с проблемами. Слуги чувствуют новую опасность, поскольку вскоре после этого появляются темные существа.…

Раньше Ханао и Юри были друзьями, но с годами отдалились друг от друга. Юри нашла новых друзей и наслаждалась жизнью старшеклассницы, а Ханао остался таким же - "цветочным парнем". Его мечта - вырастить самый красивый цветок в мире, за которым требуется особый уход...