Академия NERV. В этой школе занимаются ученики средних и старших классов. Основной упор идёт на стандартные предметы, а также изобразительное искусство и спорт. Это самое элитное училище в Токио. Ученик этого заведения Икари Синдзи живёт обычной жизнью. Но однажды он встречает Аянами Рей с каким-то неизвестным парнем и в тот же момент находит странный круглый камень... И вот после это всё "ординарное" в мире Икари стало "экстраординарным".

Девять лет назад были посажены три семечка, и теперь они превратились в три прекрасных розы. Эти девушки были выбраны судьбой. Родословная и охотники, розы и демоны, любовь, добавившая грусти в симфонию.