«Новые Врата» — смертельная игра, которая не отпускает десятки тысяч игроков. Шин — как раз один из таких геймеров. Он побеждает последнего босса и освобождает всех людей из смертельной ловушки, но самого его охватывает яркий свет и он переносится на 500 лет вперед.

Хань Сюя, правителя своего поколения, подставили и заточили в чистилище на 60 тысяч лет. Кто мог ожидать, что он вырвется из ада и сможет вновь переродиться на Земле! Все те жалкие сцены из прошлой жизни маячат у него перед глазами, и против воли небес бог вернулся на Землю, чтобы снести всё на своём пути! Хань Сюй решил: «Если я не в состоянии управлять своей судьбой, то как я могу считаться богом?»

За прошедшее десятилетие миру стало известно о существовании магии. Мир перетерпел огромное потрясение. Тем не менее, мальчик по имени Тота, живущий в сельском городке, далек от этих потрясений. Его обычная жизнь выделяется своей магией, он получает поддержку от учительницы и друзей. Однажды, его спокойной повседневной жизни приходит конец, вот тут-то и начинается удивительное приключение. События манги происходит много лет спустя окончания Mahou Sensei Negima!, где Неги Спрингфилд является почившим дедушкой главного героя, а его учительница - Евангелина МакДауэлл.